MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 2585

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022108	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_022108	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022108	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022108	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_022108	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_022108	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022108	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022108	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022108	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022108	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022108	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022108	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022108	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022108	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_022108	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022108	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022108	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022108	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022108	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022108	CCT	2	6	952	957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_022108	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_022108	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_022108	TGA	2	6	1139	1144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022108	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022108	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022108	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022108	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_022108	T	7	7	1247	1253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022108	A	6	6	1258	1263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022108	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022108	T	6	6	1639	1644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022108	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022108	T	7	7	1661	1667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022108	TC	3	6	1670	1675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_022108	A	6	6	1733	1738	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022108	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_022108	A	6	6	5066	5071	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022108	AGA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022108	CAAAAA	2	12	6250	6261	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_022108	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022108	CTT	2	6	6360	6365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_022108	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022108	GA	3	6	6996	7001	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022108	A	6	6	7011	7016	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022108	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022108	ATG	2	6	7237	7242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022108	A	6	6	9130	9135	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022108	TTC	3	9	9175	9183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_022108	ATC	2	6	9191	9196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_022108	A	6	6	9215	9220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022108	GAA	2	6	9229	9234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022108	A	6	6	9285	9290	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022108	TATT	2	8	9309	9316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022108	CCT	2	6	9330	9335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_022108	AG	3	6	9351	9356	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022108	TAG	2	6	11191	11196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022108	AGAA	2	8	11201	11208	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022108	CTT	2	6	11241	11246	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_022108	TA	3	6	11247	11252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022108	TCA	2	6	11278	11283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_022108	ATT	2	6	13372	13377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022108	AAG	2	6	13389	13394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022108	TTA	2	6	13415	13420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022108	AAGG	2	8	13437	13444	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022108	AAG	2	6	13449	13454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022108	AAC	2	6	13533	13538	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_022108	TA	4	8	13562	13569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022108	CTT	2	6	14955	14960	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_022108	CAAA	2	8	16070	16077	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022108	AG	3	6	17513	17518	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022108	GA	3	6	17526	17531	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022108	GTT	2	6	17628	17633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022108	AGA	2	6	18374	18379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022108	CTT	3	9	19890	19898	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_022108	T	6	6	19897	19902	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022108	T	6	6	19904	19909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022108	A	6	6	20477	20482	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022108	AG	3	6	20514	20519	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022108	A	6	6	20552	20557	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022108	GGA	2	6	20609	20614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022108	AGA	3	9	20649	20657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022108	GA	3	6	20672	20677	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022108	TGG	2	6	20867	20872	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022108	AAC	2	6	20906	20911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_022108	AGC	2	6	20923	20928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_022108	GCCA	2	8	21017	21024	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_022108	TGA	2	6	21124	21129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022108	AG	3	6	21188	21193	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022108	TCC	2	6	21241	21246	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_022108	CT	3	6	21257	21262	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_022108	CGCT	2	8	21265	21272	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_022108	TTAA	2	8	21286	21293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022108	GTTA	2	8	21323	21330	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022108	GATC	2	8	21378	21385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_022108	AAT	2	6	21417	21422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022108	A	7	7	24557	24563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022108	TTA	2	6	24570	24575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022108	T	9	9	24585	24593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022108	GA	3	6	26508	26513	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022108	CT	3	6	26515	26520	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_022108	ACT	2	6	26523	26528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_022108	A	6	6	26539	26544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022108	T	7	7	26551	26557	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022108	T	7	7	27865	27871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022108	TAA	2	6	27876	27881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022108	TC	3	6	27883	27888	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_022108	ATTG	2	8	27934	27941	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022108	AG	3	6	27966	27971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022108	AGA	2	6	27988	27993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022108	CTG	2	6	33117	33122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_022108	GA	3	6	36380	36385	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022108	T	9	9	36414	36422	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022108	CTT	2	6	36474	36479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_022108	AT	3	6	36482	36487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022108	CT	3	6	38749	38754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_022108	TAA	2	6	38812	38817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022108	T	6	6	38832	38837	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022108	AAG	2	6	38853	38858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022108	A	8	8	40110	40117	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022108	CT	3	6	40120	40125	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_022108	T	6	6	40125	40130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022108	CTC	2	6	40131	40136	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_022108	AAG	2	6	40216	40221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022108	T	8	8	40306	40313	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022108	CT	3	6	42311	42316	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_022108	TGCAA	2	10	42322	42331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_022108	ATG	2	6	42372	42377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022108	A	6	6	42576	42581	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022108	GA	5	10	42586	42595	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022108	A	7	7	42625	42631	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022108	CAAAA	2	10	42640	42649	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_022108	A	7	7	42646	42652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022108	GAT	2	6	42670	42675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022108	AAG	2	6	42676	42681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022108	AG	3	6	42710	42715	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022108	A	6	6	42716	42721	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022108	GGA	2	6	42728	42733	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022108	TAA	2	6	42826	42831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022108	TGTT	2	8	43810	43817	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022108	A	8	8	43849	43856	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022108	AATA	2	8	44049	44056	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022108	ACT	2	6	44057	44062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_022108	AAG	2	6	45908	45913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022108	T	9	9	45952	45960	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022108	TGT	2	6	48056	48061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022108	T	8	8	48602	48609	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022108	TAGCAT	2	12	48615	48626	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_022108	GTC	2	6	48740	48745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_022108	AAG	2	6	48762	48767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022108	TAT	2	6	48791	48796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022108	T	8	8	48885	48892	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022108	A	6	6	48936	48941	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_022108	T	6	6	53352	53357	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_022108	CTT	2	6	106943	106948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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296	NC_022108	A	8	8	114049	114056	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_022108	GCTCT	2	10	114083	114092	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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441	NC_022108	TCC	2	6	187484	187489	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
442	NC_022108	ACA	3	9	187490	187498	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
443	NC_022108	AGT	2	6	187508	187513	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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445	NC_022108	TGC	2	6	187599	187604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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447	NC_022108	AGT	2	6	187690	187695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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449	NC_022108	TAT	2	6	187778	187783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
450	NC_022108	T	6	6	187797	187802	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_022108	GCA	2	6	187850	187855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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456	NC_022108	CAT	2	6	188034	188039	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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458	NC_022108	TAA	2	6	188152	188157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
459	NC_022108	TTG	2	6	188180	188185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_022108	GTT	2	6	192714	192719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
463	NC_022108	T	6	6	192944	192949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_022108	ATT	2	6	192957	192962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_022108	T	6	6	192973	192978	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_022108	AAACAT	2	12	193020	193031	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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468	NC_022108	AAC	2	6	195012	195017	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
469	NC_022108	ATA	2	6	195032	195037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
470	NC_022108	T	7	7	195057	195063	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_022108	TGA	2	6	195167	195172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
472	NC_022108	C	8	8	195728	195735	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
473	NC_022108	ACA	2	6	195749	195754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
474	NC_022108	TAC	2	6	195772	195777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
475	NC_022108	T	6	6	195780	195785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
476	NC_022108	TCT	2	6	195812	195817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
477	NC_022108	T	7	7	195824	195830	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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481	NC_022108	CTA	2	6	196565	196570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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483	NC_022108	AACT	2	8	196609	196616	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
484	NC_022108	GAC	2	6	196625	196630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
485	NC_022108	AG	3	6	197106	197111	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
486	NC_022108	AAT	2	6	197116	197121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
487	NC_022108	T	13	13	197130	197142	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
488	NC_022108	T	6	6	197181	197186	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
489	NC_022108	TAC	2	6	197225	197230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
490	NC_022108	ATT	2	6	197234	197239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
491	NC_022108	CTAAG	2	10	202879	202888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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494	NC_022108	T	7	7	203038	203044	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_022108	CTT	2	6	204055	204060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

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